目前，我国对于医疗结构的诊疗行为是否存在问题的认定主要是通过医疗事故鉴定和以医疗过错鉴定两种途径，存在着二元化的特色。医疗纠纷案件中，选择做什么鉴定，如何选择鉴定结构，都直接关系这案件的成败。
医疗事故鉴定是患方质疑院方诊疗行为时，申请所在地的医学会对医院的诊疗行为是否存在问题进行鉴定。《医疗事故处理条例》的规定，省、市两级医学会分别组建辖区范围内的医学专家库，由患方和医院从专家库中抽签选择医学专家参加医学鉴定，鉴定人员是都具有高级技术称的医学专家。医学鉴定（医疗事故鉴定）由医学会负责组织，一方面医学会组建本辖区的专家库；另一方面，由医学会设立医学鉴定办公室承担鉴定事务。在整个医疗事故鉴定过程中医学会扮演了组织者的重要角色。
医学会虽然是一个独立的社会团体，但是由政府出资设立，由卫生行政机关的官员进行管理，它与卫生行政机关及医疗机构有着千丝万缕的联系，有一些当地的大型医疗机构及其资深的医务人员就是医学会的会员（单位）。参与医疗事故鉴定的专家也大多数是各大医院的资深医生，各大医院的“专家”可能定期地参加一些业务交流和学术探讨，难免大家都会比较熟习，由专家组成的鉴定组就可能变成医方的“亲友团”，这个“亲友团”不到万不得已也不会拿自己的医生开刀。
在医院与患者或者是患者家属发生医患纠纷以后，医院一般都很乐意习惯性地把患方向医疗事故鉴定这个方向引导，由于患者的维权意识薄弱和代理律师的专业经验不足等原因，患方很有可能同意院方的意见到医学会做医疗事故鉴定，鉴定出来的结果大多是不符合患者的预想，鉴定结果也可能会出现不客观不公正的现象，不利于患者维权。在我们处理医疗纠纷中我们都尽量设法避免做医疗事故鉴定，因为这很可能让患方的官司满盘皆输。
在我们的实际操作中都惯常做医疗过错鉴定，医疗过错鉴定就是法院依当事人申请委托司法鉴定部门对医院的诊疗行为是否存在过错，以及过错行为与患者的损害后果之间是否存在因果关系就行鉴定。医疗过错鉴定在启动的前提是双方的医患纠纷已经起诉至法院，法官对案情也有了一定的了解，但是法官不具备相关的医学知识，所以对相应的技术问题不能全面的认识，法官的处理方式一般都是召集医患双方协商确定相关的鉴定部门，如果双方不能达成一致，则由法院指定相关的鉴定部门来对医院的诊疗行为进行鉴定。医疗过错鉴定与医疗事故鉴定相比，更为客观公正，也具有更高的公信力。
但是，目前司法鉴定中心相互之间也存在着很强的竞争关系，一些司法鉴定中心也在某些大型医疗结构设点，一家大型医院一年至少为设点的鉴定中心提供几十起的鉴定案源（伤残鉴定、三期鉴定较为多见），如果当法院委托到这家鉴定中心为其设点的医院做医疗过错鉴定，这家鉴定中心也可能不情愿为了法院提供的一桩“生意”而的“得罪”它的长期合作伙伴。因此，作为处理医疗纠纷的专业律师，也应该了解各大医疗结构设有的鉴定中心点位的状况，为患者和法院推荐一家较为公正的鉴定中心，最起码的也要让医院的“伙伴型鉴定单位”回避。
在具体的医疗纠纷损害赔偿案件的实务操作中，在立案的过程中，法院的同志一般都会给患方提示这类型案件按照司法惯例都要先委托医学会做医疗事故鉴定，我们在办理的大量的医患纠纷的案件中，99%的都碰到了这种情况。我们的做法是在立案的同时，就把“医疗过错司法鉴定”申请书递交给法院，掌握鉴定的主动权，但是，作为医院一般是不愿意做医疗过错鉴定的，医院也会申请做医疗事故鉴定。法院的做法一般是召集医患双方就鉴定问题就行协商，医院在医患纠纷中一般都处于强势地位，软磨硬泡地让患方去做医疗过错鉴定，那么作为专门处理医患纠纷的专业律师，我们一定要有勇气和智慧在鉴定的问题上坚持争取的意见，因为鉴定都走向直接会影响到案件的胜败。以下是我所一位直言不讳的律师就鉴定问题在法院的发言：
关于做医疗过错鉴定的发言
首先,院方做医疗事故鉴定的目的证明此此事不属于医疗事故，我方同样认为不构成医疗事故，但是构成医疗过错，所以原告要求做医疗过错鉴定，完全没有必要做医疗事故鉴定。如果被告方执意要做医疗事故鉴定的话，就是被告方自认此事件构成医疗事故，就是被告方对构成医疗事故的自认。
其次，我们也在昆明多家大型医疗结构担任法律顾问，深知医疗事故鉴定委员会的内部运作，此鉴定纯属于医院的“亲友团”，若不是患者的肚子里面留着手术刀或者纱布，一般都不可能认定为医疗事故。为一个直言不讳的法律职业者，作为一名律师，我不得不说我信不过医学会这个鉴定结构，我希望法院也本着对查明案件事实负责的态度，为双方指定司法鉴定结构对此事进行医疗过错鉴定。